Два года спустя после событий игры Final Fantasy VII, Планета только начинает восстанавливаться после крушения Метеора. Выжившие жители Мидгара создали новый город Эдж. По всей планете распространяется неизлечимая болезнь «Геостигма», от которой погибает огромное количество людей. Клауд Страйф образовал свою «Службу доставки Страйфа» вместе с Тифой Локхарт. Офис компании находится в баре Тифы, который также является приютом для детей, больных Геостигмой. Среди детей с Тифой живут Марлин Уоллес и её друг — мальчик Дензел. Дензел и Клауд больны Геостигмой, но Дензел ищет поддержку в Тифе и Марлин, а Клауд, чувствуя себя виновным в смерти своих друзей, Айрис и Зака, наоборот, отдаляется от людей, чтобы не быть обузой для близких.
В начале фильма Клауда атакуют три человека и спрашивают его, где находится их потерянная «мать». Клауд не понимает, о чём они говорят. Битва резко прекращается, когда один из них отзывает назад своих напарников, и они уезжают. Клауд получает телефонный звонок от Тифы, которая передаёт ему сообщение Руфуса, бывшего президента компании «Шин-Ра», с просьбой о помощи. Он едет к нему и узнает, что трое напавших были бандой Кададжа. Руфус просит Клауда вновь поступить на службу «Шин-Ра», но Клауд резко отказывается и уходит. Затем к Руфусу приходит Кададж, победив его охранников, двоих Турков — Рено и Руда, и снова пытается выяснить местонахождение своей «матери». Выясняется что под «матерью» подразумеваются клетки инопланетного существа Дженовы, каким-то образом связанные с Геостигмой. Кададж ищет «мать» для воссоединения с Дженовой, также он даёт понять Руфусу, что является духом Сефирота.
Кададж и его подручные Лоз и Язу собирают детей, больных Геостигмой, обещая им помочь, и увозят их в Забытую Столицу. Лоз также ищет клетки Дженовы и поиски приводят его в церковь Айрис. В церкви Лоз встречает Тифу. Битва Тифы и Лоза заканчивается поражением Тифы, от смерти её спасла Марлин: она бросила в Лоза шариком-материей, направив его интерес на себя. Лоз забирает Марлин по указанию Кададжа, хотя она и не больна, и ящик с материей, который принадлежал Клауду. Клауд пытается спасти похищенных детей, но не может, и ему помогает Винсент Валентайн, забирая его с места боя. От Винсента Клауд узнает, что Геостигма вызвана ответной реакцией иммунной системы человека на внедрившиеся в жизненный поток организма клетки Дженовы. Винсент рассказывает Клауду свои идеи о том, чего ищет Кададж и к чему это может привести. Марлин, сбежавшая от Кададжа в то время, убеждает Клауда вернуться домой, и в конце концов они возвращаются в Эдж.
Клауд Страйф
Родился в Нибельхейме; в 15 лет, мечтая стать Солджером (как и его кумир, генерал Сефирот), вступил в армию. Провалил тесты на психологическую устойчивость, но остался служить, благо, родной дом рядом. На одном из заданий познакомился с Солджером первого класса Заком Фэйром, который взял на себя труд морально поддержать новобранца.
Когда же случилась Нибельхеймская катастрофа, и генерал Сефирот уничтожил город, Клауд, наверное, и сам не до конца понял, что произошло, и как случилось, что они с Заком остановили Сефирота. Шок и ранение были слишком сильными. За 5 лет в лаборатории особняка Шинра личность Клауда была фактически стерта, и только благодаря стараниям Зака Страйфу удалось не только выжить, но и немного прийти в себя, хоть и с искаженными воспоминаниями.
Затем была наемная работа на террористическую организацию «Лавина», во время которой Клауд познакомился со всеми своими нынешними друзьями, а также частично вернул свою память. Тем не менее, Клауд очень долго чувствовал себя марионеткой Сефирота и Дженовы; и очередная победа над генералом особой радости не принесла, так как Клауд вскоре заболел геостигмой. После битвы с шинентай Страйфу удалось излечиться
Зак Фэйр
Дата рождения Зака неизвестна, но известно что он родился в Гонгаге - небольшом селение. Жил там он не слишком долго и после некоторого времени покинул это селение и вступил в ряды солдждеров. Где в последующем был подвержен экспериментам и внедрению клеток Дженовы. Нельзя сказать, что эти эксперименты закончились для Зака неудачно, скорее наоборот, с какой-то стороны он стал сильнее, выносливее... и в связи с этим был определён в группу солджеров первого класса. За его обучение и наставничество взялся Энджел, который впоследствие стал для него лучшим другом (но по стечение определённых обстоятельств, именно Зак и убивает Энджела...). Всё это было непросто и чтобы это "пережить" Заку понадобилось некоторое время. После некоторого времени, в Нибельхейме вместе с Клаудом они пытались остановить Сефирота и были серьёзно ранены. Последующе, они угодили в лапы к Шин-ра и Ходжо ставил над ними эксперименты...Зак был достаточно устойчив и как только у него появилась возможность - он бежал оттуда, прихватив собой полусознательного Клауда. Заку удалось избавиться от погони, тем самым спасся Клауда, но цена за это была отнюдь не низкая, спасая Клауда, Зак погиб сам - слишком серьёзные были ранения.
Тифа Локхарт
Тифа — мастер боевого искусства Zangan-Ryu, сражается исключительно врукопашную. Обучалась данному искусству девушка у мастера боевых искусств Зангана, который остановился когда-то в Нибельхейме — родном городе Тифы и Клауда Страйфа. Сама Тифа является подругой детства Клауда, хоть она и не замечала его тогда, когда он проникся к ней симпатией. Однажды, решила пойти в горы, куда за ней не пошли её друзья, но пошёл Клауд. Когда дети дошли до деревянного моста, он оборвался и Тифа вместе с Клаудом упала с обрыва. Вину за то, что Тифа пострадала, свалили на Клауда. Когда же парень позвал её вечером к колодцу, слегка удивленная Тифа пришла на встречу, где услышала от Клауда, что он собирается стать СОЛДАТом Шин-ры. Тогда девушка взяла с него обещание, что он будет её рыцарем, который придёт и спасёт её, когда она будет в беде.
Винсент Валентайн
Винсент Валентайн родился в Мидгарде. Его мать умерла почти сразу же после родов, а его отец - Гримор Валентайн - гениальнейший ученый Шин-Ра, не уделял сыну должного внимания. Что бы хоть как-то самоутвердиться - Винсент вступает в ряды организации ТУРК, где его напарником становится некий ТУРК Вердот. Вскоре его отец погибает во время эксперимента, который должен былс пасти доктора Лукрецию Кресцент. Лукреция была спасена, а вот сам Гримор - погиб. Вскоре Валентайна направляют, как личного телохранителя доктора Кресцент. Сам того не ожидая, парень влюбляется в Лукрецию. Сама же женщина ощущает себя виноватой за смерть отца Винсента и, зачем-то, соглашается на эксперимент доктора Ходжо - вживление клеток Дженовы в развивающийся плод ребенка (а ребенок был, кстати, от Ходжо). Пытаясь отговорить возлюбленную, Винсент вступает в конфликт с Ходжо. В результате этого мужчина попадает в руки безумного ученого и над ним проводятся бесчеловечные эксперименты по изменению человеческого организма, но он происходит неудачно и Винсент отправляется на "свалку неудачных экспериментов".
Сефирот
Сефирот был рожден приблизительно за 30 лет до начала событий игры. Его родителями были ученые «Син-Ра»: профессор Ходжо и Лукреция Кресцент. До рождения Сефирота Ходжо и Лукреция вместе работали под началом профессора Гаста над секретным проектом «Дженова». Проект изучал останки внеземного существа, известного как Дженова, по ошибке принятого за одну из Цетра, древних предков человечества, обладавших паранормальными способностями. Пытаясь клонировать Дженову, Ходжо ввел клетки Дженовы беременной от него Лукреции — это был так называемый проект S. Таким образом, Сефирот, получивший эти клетки ещё на стадии зародыша, родился с внедренными в организм клетками инопланетного паразита и с самого начала находился с Дженовой в симбиозе. Благодаря клеткам Дженовы Сефирот действительно обладал сверхчеловеческими способностями — огромной силой, исключительной реакцией и высочайшими способностями к магии. Хотя это были и не те способности, какими должны были обладать Древние — возможностями общаться с Планетой и регулировать мировой Поток Жизни Сефирот не обладал, а поэтому и не мог привести «Син-Ра» в Землю обетованную.